Çalkalama şişesi kültürü, hücrelerin doğrudan yüksek oksijen konsantrasyonlarına maruz kaldığı yüzey kültüründen farklıdır. Çalkalama şişesi kültürlerinde, mikroorganizmalar kültür besiyerinde asılı kaldığından hücreler düşük oksijen konsantrasyonlarına maruz kalır.